Si cette période a été marquée par de profonds changements sociaux, politiques, culturels et scientifiques, les croyances et les attitudes envers le corps féminin et les règles dépendaient encore énormément de la religion et des superstitions. Les considérations à ce sujet n’avaient quasiment pas évolué

Au XVIème siècle, Paracelse, alchimiste et médecin, voyait le sang des règles comme le plus puissant des poisons et que « le diable en produit les araignées, les puces, les chenilles et tous les autres insectes dont l’air et la terre sont peuplés. »

La « théorie des humeurs » perdure et l’idée que les femmes menstruées avaient la capacité de corrompre leur environnement : faire tourner le vin, le lait, flétrir les plantes et rouiller le fer ; nuire aux autres et surtout aux hommes en leur apportant malheur et maladies.

Les bouleversements religieux qui ont eu lieu pendant cette période notamment avec la Réforme protestante n’a pas eu de répercussions significatives en ce concerne le corps des femmes, leurs règles ou leur sexualité.

Ces croyances entraînent des répercussions durables sur la vie quotidienne des femmes, la place dans la société et quant à l’attitude des hommes vis-à-vis d’elles.

Le questionnement se posait essentiellement sur la périodicité des règles avec notamment au XVIème siècle, Ambroise Paré, médecin et chirurgien, inventeur de la ligature des veines et des artères après amputation, un peu moins à l’aise en ce qui concerne l’anatomie féminine. En effet, il soutenait que les règles étaient sous l’influence de la Lune et que les jeunes avaient leurs « mois » en lune nouvelle.

Au XVIIème siècle, Stepney, un médecin anglais, défendait aussi la théorie selon laquelle des marées atmosphériques expliqueraient la périodicité des menstruations qui semblaient se régler sur le cours de la Lune.

La représentation négative des menstruations s’enracine dans l’Antiquité ; elle est encore d’actualité au XVIIe siècle en raison de la survivance de l’héritage des Anciens. Les hommes arguent que les femmes sont impures, les prêtres enjoignent les hommes à fuir leur contact et les maris à dormir dans un autre lit. Il est en effet admis que le sang menstruel est un poison qui peut, par exemple, gâter le vin.

Pourtant, des médecins français ne semblent pas tenir compte de cette mise en garde. Liébault, à l’instar du corps médical du XVIIe siècle, dénonce la théorie du naturaliste romain Pline l’Ancien. En effet, il rejette l’idée selon laquelle la femme rend stérile tout ce qu’elle touche. Il contre-argumente en faisant valoir que lorsque la femme est enceinte, le sang menstruel sert à « parachever & remplir de chair les espaces vides d’entre les parties spermatiques du petit enfant déjà conçu & formé en la matrice : que pour le nourrir, & lui donner accroissement tout le temps qu’il y sera ». C’est ce même sang qui se transformerait en lait dans les seins, toujours pour nourrir l’enfant. Un sang empoisonné ne pourrait donner ce résultat. Guillemeau, un chirurgien, affirme de plus que, de toutes les évacuations sanguines susceptibles de survenir chez la femme, les seules à ne pas être contre nature sont les menstruations. Ils reconnaissent également que plusieurs maladies affectent les menstruations qui en témoignent alors par l’abondance, la durée, la couleur dont la seule maladie des menstruations comme telle est leur arrêt total et même parfois définitif, sans que ce soit pour autant la ménopause.

« Les femmes, même avec la plus florissante santé, sont réputées de nature « faible » en raison de leur faiblesse innée tapie dans leur utérus. Cette faiblesse les rend par définition plus vulnérable à la maladie, et bien sûr à certaines maladies en particulier, liées de près ou de loin à leur féminité. Parce que les études sur les femmes à l’époque moderne se sont davantage intéressées aux problématiques liées à la fonction maternelle. Il est également important de savoir que sous l’Ancien Régime, la santé des femmes devient un enjeu primordial, non seulement pour les médecins, mais aussi pour l’État et l’Église. En effet, la préoccupation des médecins est bien de rétablir la santé défaillante des femmes afin qu’elles puissent exercer les rôles qui leur sont impartis par la société, à savoir l’épouse, la mère, la nourrice, même la sage-femme. »

« Avant même d’être malade, les femmes sont alors dites de « nature faible », elles souffrent d’une faiblesse congénitale tapie dans leur matrice. En effet, durant la Renaissance et même avant cette période, les médecins croyaient que la pathologie de la femme venait de son utérus qui la rendait inférieure à l’homme, lui-même de nature perfectionnée. Au début du XVIe siècle, les médecins précisent leurs pensées à ce sujet. Ils décrivent alors la femme comme un mâle inachevé, soumis aux influences de la lune et habité par un animal redoutable : sa matrice.

Il faudra attendre le XVIIe pour qu’une rationalisation soit perceptible. En lisant les auteurs de l’Antiquité, et en se référant toujours à Hippocrate, les médecins constatent alors qu’il est possible que leurs prédécesseurs aient été dans l’erreur. Ils décident alors d’expérimenter, d’observer et finalement de comparer ce qu’ils observent avec ce qu’ils avaient au préalable étudié dans les ouvrages antiques, ce qui a permis l’émancipation de leur art. »

En ce qui concerne les maladies typiquement féminines (hystérie, cancers du sein et de l’utérus, grossesse, fleurs blanches, maladies reliées aux menstruations et au sperme), elles constituent aux XVIe et XVIIe siècles un sujet de prédilection chez les scientifiques et les lettrés. Ces derniers s’y intéressent non seulement parce qu’ils veulent comprendre la maternité et le fonctionnement de l’utérus, mais aussi, vraisemblablement, parce que ces maladies propres aux femmes, qui les caractérisent autant que la grossesse, sont une conséquence directe de leur faible nature croyaient-ils. Elles en sont autant de manifestations et n’ont pas toutes un lien avec la grossesse, loin s’en faut.

Les scientifiques et les savants qui se sont penchés sur le corps féminin ont été essentiellement des hommes. Bien qu’elles soient les mieux placées pour parler de leur corps, très peu de femmes ont écrit à ce sujet au cours de l’histoire et décrit ce qu’elles vivaient et ce qu’elles ressentaient dans leur corps.

Louise Bourgeois est la première sage-femme à avoir écrit un livre d’obstétrique, « Observations diverses sur la stérilité, perte de fruits, fécondité, accouchements et maladies des femmes et enfants nouveau-nés », publié en 1609. Contrairement aux livres de la même époque écrits par des hommes chirurgiens, les Observations de Louise Bourgeois sont une série d’études de cas fondées sur son expérience personnelle de professionnelle de l’accouchement et des gestes de soin. Elle insiste sur le fait, que, parce qu’elle est une femme, elle est plus à même de comprendre le corps féminin et de vaincre les réticences des parturientes liées à la pudeur féminine. Elle expose des pratiques diagnostiques fondées sur le toucher, l’auscultation, à une époque où connaître c’est surtout voir.

Au XVIIIe siècle, la femme dépend étroitement de sa famille, puis de son mari. À de rares exceptions, elle n’a guère d’autonomie et ne peut choisir sa vie. Dans Émile ou de l’Éducation, Rousseau développe les limites qu’il met à l’éducation des femmes afin qu’elles restent à la place qui est la leur, celle d’épouse et de mère. Le seul objet auquel une femme se doit de consacrer son temps et sa réflexion est « non par abstraction l’esprit de l’homme en général, mais l’esprit des hommes qui l’entourent, l’esprit des hommes auxquels elle est assujettie, soit par la loi, soit par l’opinion. »

L’avènement de la biologie moderne et l’importance accrue de l’anatomie et de la physiologie permettent d’abandonner progressivement la théorie des humeurs. Les menstruations ont commencé à être comprise en tant que fonction reproductive, associée à l’ovulation et la préparation du corps pour une éventuelle grossesse.

Certains préjugés sur les menstruations et la santé mentale des femmes persistaient. En effet, l’ « hystérie » était un diagnostic couramment attribué aux femmes en liaison avec les menstruations.

C’est aussi à cette période, en 1672, que le médecin Reinier de Graaf en travaillant sur les lapins que De Graaf crut voir des « œufs » de mammifères. Il venait en fait de mettre en évidence, avec le Danois Stenon, les follicules ovariens. Il montre ainsi, par une longue série d’expériences sur des lapines, des chiennes, des vaches et sur des cadavres féminins, que les vivipares, comme les ovipares, naissent d’un œuf ; il adopte, après Van Horne, le terme d’ « ovaire » pour ce que l’on nommait alors « testicule femelle ». S’il n’a pas vu l’ovule que Karl Ernst von Baer ne découvrira qu’en 1826, il a décrit les vésicules qui portent aujourd’hui son nom (follicules de De Graaf), en les prenant pour l’œuf lui-même. Sa longue série d’expériences lui permet de montrer le déroulement des premières phases de la génération, de l’œuf au fœtus, l’apparition des corps jaunes. Il évoque également le principe d’un ferment qui pouvait être sécrété par l’ovaire et qui serait à l’origine des menstruations.